il problema nasce dal fatto che entrambe le applicazioni includono la libreira jquery, quando invece se la faccio caricare una sola volta tutto funziona a dovere.
Cosa intendi di preciso? Come viene incluso jquery nel tuo codice?

Comunque in javascript puoi ad esempio fare:

codice:
if (jQuery) {
//allora l'oggetto jquery è disponibile
}
else {
//l'oggetto jquery non è disponibile
}