Trovata la risposta :

Questo comportamento è un difetto di IE. Quando esso riceve una pagina HTML, e successivamente un file PDF dallo stesso indirizzo, visualizza quest'ultimo direttamente, senza lanciare Acrobat. Questo accade frequentemente durante lo sviluppo: all'ultimo errore dello script viene inviata una pagina HTML e, dopo la correzione, arriva il PDF.
Per risolvere il problema, semplicemente si chiude e si riavvia IE. Oppure si accede ad un altro indirizzo e poi si torna indietro.
Per evitare questo tipo di inconvenienti durante lo sviluppo, si può generare il PDF direttamente come file, aprendolo poi da explorer.