Quello che dici non dipende da php ma dal html che produci. Prova con il codice seguente
Codice PHP:
<?php
echo "<select>";
$id=htmlspecialchars($row['id_com']);
$comune=htmlspecialchars($row['comune']);
while($row = mysql_fetch_array($res)){
echo "<option value=\"$id\" ".(($id==20)?'selected="selected"':'').">$comune</option>";
echo "</select>";
?>
In qualche modo incasini il browser o perchè stai utilizzando i tag
dove non sono previsti, ovvero dopo il tag option o forse il tag fornt dentro option