Quello che dici non dipende da php ma dal html che produci. Prova con il codice seguente

Codice PHP:
<?php    
echo "<select>";
$id=htmlspecialchars($row['id_com']);
$comune=htmlspecialchars($row['comune']);
while(
$row mysql_fetch_array($res)){              
    echo 
"<option value=\"$id\" ".(($id==20)?'selected="selected"':'').">$comune</option>"
echo 
"</select>";
?>
In qualche modo incasini il browser o perchè stai utilizzando i tag
dove non sono previsti, ovvero dopo il tag option o forse il tag fornt dentro option