Ho provato a guardarmi un po' in giro ed è venuta fuori una cosa del genere:
javascript changelogo.js
codice:
var alreadyRun = false; 
window.onload = function() 
{ if (alreadyRun) {return;} 
alreadyRun = true; doTimer();  
}  

function timedCount() 
{ document.getElementById('logo').src = "miaimmagine"; 
t=setTimeout("timedCount()",9000); 
}  

function doTimer() { 
if (!timer_is_on)   
    {   
           timer_is_on=1;   timedCount();   } 
}
Richiamato con nell'head
codice:
<script src="/media/system/js/changelogo.js" type="text/javascript"></script>
e
codice:
<script type="text/javascript">window.onload();</script>
dopo il logo

ovviamente sarà pieno di errori, mi sapreste dare una mano?