Devi tener presente che document.nomeform.nomeselect.selectedIndex = indice;
assegna l'attributo select all'opzione di indice 'indice' come se le opzioni facessero parte di un array. Nell'array gli indici non vanno da 1 a dimensione array ma da 0 a dimensione array-1.
Quindi l'indice di 'Andorra' nell'esempio non sarebbe 2 ma 1.

Di questa premessa la cosa più importante da considerare è che le option formano un array al quale si può accedere nel seguente modo:

document.nomeform.nomeselect.options

A questo punto basta scorrere l'array con un for e fermarsi quando si trova la option con il value cercato o in alternativa dopo aver terminato lo scorrimento di tutti gli elementi.

Alla fine del ciclo for la variabile utilizzata come contatore sarà minore della lunghezza dell'array solo se avrà trovato una option con la value cercata.

Codice PHP:
<html>
<body>

<form name='mioform'>
    <select name='paese'>
        <option value='Albania'>Albania</option>
        <option value='Andorra'>Andorra</option>
    </select>
</form>


<script type="text/javascript">
var dacercare = 'Andorra';
var sel =  document.mioform.paese
var opzioni = sel.options;

for(x=0; (x<opzioni.length) && (opzioni[x].value!=dacercare); x++);

if(x < opzioni.length) sel.selectedIndex = x;

</script>


</body>
</html>