per renderlo più simile a una finestra di popup ti consiglio il .dialog di jquery-ui visto che è anche draggable, che puoi vedere QUI

Discorso che vale sia per facebox che per dialog è il fatto che devi aggiornare i contenuti caricandoli tramite ajax, in facebox basta guardare gli esempi con "remote html" mentre con i .dialog si usa $.ajax o $.post oppure ancora .load.