incapsulare script Perl in programmi JAVA
La vedo dura ...

Premetto che non conosco Java, per cui la mia e` una risposta generica.

Perl e` un linguaggio interpretato, che necessita di avere un interprete attivo che legge riga per riga, la intepreta e la esegue.
Java, che io sappia, e` un linguaggio compilato (almeno in parte), che gira sotto una Macchina Virtuale (JVM).
Quindi per poter incorporare uno script PErl in un programma Java, sarebbe necessario che la JVM si fermi, mandi in esecuzione lo script il quale a sua volta invoca l'interprete Perl;
alla fine del Perl, il controllo dovrebbe tornare alla JVM per proseguire con il programma java.

La cosa non e` impossibile, ma mi pare poco ragionevole. Per come la vedo io, sarebbe meglio tradurre il Perl in Java e inglobarlo direttamente. Pero` tieni presente che non so nulla del tuo programma: non so quanto e` lungo e complesso, non so cosa fa, quali moduli utilizza, ecc (come dire che la mia e` una discussione molto teorica).

E comunque a mio parere la domanda andrebbe posta dove si parla di Java: infatti e` in Java che dovresti lanciare il programma esterno. Per fare una chamata al sistema operativo (e a qualsiasi eseguibile) in Perl si usa una delle funzioni seguenti, a seconda del risultato che si vuole: system() , exec() , `...`(coppia di backquote) ; per come la vedo io dovresti cercare i corrispondenti in Java.