Ora non ho tempo ma posso darti una piccola "mappa":

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function foo(){
/*
1) c'è un cookie? LEGGILO e memorizza i valori letti
2) non c'è un cookie? CREALO con i valori iniziali di countdown per secondi, minuti ore e memorizza i valori appena assegnati
3) imposta il countdown con quei valori
4) avvia il countdown
*/
}
foo();

Per settare e leggere i cookie è pieno di tutorial in giro, anche se ora non ne ho uno sottomano ma c'è sempre il buon google!
hai davanti a te un paio di ore di lavoro :-) Auguri!