ci sono diversi modi per modiicare un'immagine, modi che ad esempio dipendono dal tipo di immagini che devi unire, dal metodo utilizzato ecc.

Uno dei più diffusi è sicuramente utilizzare questa funzione:

http://php.net/manual/en/function.imagecopymerge.php

che torna molto comoda ad esempio quando devi creare immagini con watermark. Un'altra possibilità è data dalla seguente funzione:

http://it.php.net/imagecopy