Ciao!
Che io sappia devi appoggiarti ad una banca, fare un contratto con loro... ti daranno la documentazione (e forse i sorgenti) per collegarti al loro gateway dal tuo sito. Di solito hanno dei webservices in XML.
Non credo che i vari enti emittenti mettano a disposizione delle api, devi passare attraverso una banca, e pagare, ovviamente.