Ecco la soluzione:
codice:
function ckInput(campo){
for(var i = 0;i<$('[id^="codice"]').length;i++)
    var el = $('[id^="codice"]')[i];
      if(el.value == campo.value && el.id != campo.id && el.value != ""){
          return false;
      }else {return true;}
}
function doppioni(){
    for(var i = 0;i<$('[id^="codice"]').length;i++){
        var el = $('[id^="codice"]')[i];
        if (el.value != ""){
          if(!ckInput(el)) {alert("Ci sono ripetizioni negli articoli inseriti"); return false;}
        }else {return false;}
      return true;
    }
}
la funzione viene poi associata all'evento onsubmit del form