nel codice che hai postato prima non c'è niente che ha come id "elenco_prodotti"...

eccoti un esempio...

codice:
<style type="text/css">
.prodotto_hover
{
background-color:#D4D4D4;
}
.prodotto_selezionato
{
background-color:#D41122;
}
.BORDI {
BORDER-RIGHT: 1px solid #EFEFEF; BORDER-TOP: 1px solid WHITE; BACKGROUND: #97adb2; BORDER-LEFT: 1px solid #EFEFEF; COLOR: #185a84; BORDER-BOTTOM: 1px solid WHITE;
}
</style>

<SCRIPT LANGUAGE=javascript> 
<!-- 
function coloraSel()
{ 

var elenco_prodotti = document.getElementById('elenco_clienti') 
var prodotti = elenco_prodotti.getElementsByTagName('tr') ;
for (var e = 0; e < elenco_prodotti.rows.length; e++)
{ 
var input_prodotto = prodotti.item(e).getElementsByTagName('input').item(0)	
if ( input_prodotto.checked )
{
prodotti.item(e).className = ' prodotto_selezionato'
}
else
{
prodotti.item(e).className = prodotti.item(e).className.replace('prodotto_selezionato', ' ')
}
} 
} 
//--> 
</SCRIPT>

</head>

<table id="elenco_clienti" border=1>
<%for(int x=0;x<10;x++){ %>
<tr height=30>	
<td valign="middle" align="center">	
<INPUT type="checkbox" id="checkbox<%=x%>" name="sel_check1" onclick="coloraSel()">
</td>
</tr>
<%}%>
</table>
è questo quello che devi fare?