nel tag form usa
onsubmit="return Modulo()"

A questo punto la tua funzione diventa (occhio: non la ho testata scrivo di getto)
codice:
function Modulo() {

	form = document.iscrizione;
        caratteri=form.CodiceFiscale.value.length;

	if (caratteri!=16) {
		alert('Per proseguire è obbligatorio inserire il proprio codice fiscale');
		return false;
	} 
return true;
}
togli l'onclick dal bottone, ti basta un input subimt a questo punto