Se sul server c'è un solo host=dominio allora c'è un solo conf, magari anche senza sezioni virtualhost.
Se sul server sono ospitati più domini o ci sono più sezioni <Virtualhost> nello stesso file conf o ci sono tanti file conf con all'interno un solo <Virtualhost>

nel file conf di cui hai fatto backup ci sono sezioni <Virtualhost>? oppure ci sono degli include?
Devi identificare il giusto <Virtualhost> al quale aggiungere le configurazioni, altrimenti crei problemi o non ne vedi gli effetti