Guarda, io di htaccess non ci capisco davvero nulla.. ho solo notato che rimuovendo quella parte di codice, non mi trova più la index nella root del sito.. dandomi un errore 404..

Comunque il mio problema è che da quando ho inserito quel codice, se digito:
www.sito.com/directory/ = errore 404
www.sito.com/directory/index.php = pagina visibile

In poche parole in ogni url dopo la cartella devo scrivere /index.php se no, non mi trova la index.. questa cosa la fa solo, da quando c'è quel codice
Il problema, è che quel code mi serve.. per rimuovere dagli url la cartella /pages/
quindi cercavo un codice che mi toglieva la cartella dall'url, ma allo stesso tempo non mi dia questo problema..