[htaccess] Rimuovere cartella da URL

[Enoa]

Ricapitolando tu vuoi che la index.php principale non vada riscritta in pages/index.php mentre tutte le altre pagine e risorse si?
Oppure solo alcune pagine vanno riscritte mentre le altre esistono già sulla root?
Quando dici "rimuovendo quella parte di codice" a quale ti riferisci?

Comunque prova così:

Options -MultiViews

RewriteEngine On

RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} -d [OR]
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} -f
RewriteRule .* - [L]

RewriteCond %{REQUEST_URI} !pages 
RewriteRule ^([^/]*)$ pages/$1