Per ottimizzare al meglio il sito sarebbe certamente opportuno evitare ambiguità di questo tipo: i due url sono all'atto pratico differenti, e se hanno gli stessi contenuti sarebbe opportuno utilizzarne solo uno, possibilmente quello senza index.php. Il fatto che appaiano entrambi nella sitemap significa con probabilità che sono entrambi raggiungibili navigando sul sito in questione.

La migliore soluzione è utilizzare sempre lo stesso url in tutti i link verso la home e, dato che l'altro è stato ormai indicizzato, farlo rimandare al primo con un redirect 301.

Detto questo, i motori evoluti come Google sono ormai in grado di gestire queste ambiguità, ed è probabile che col tempo elimineranno automaticamente il secondo risultato dall'indice.