Allora, ho capito benissimo il tuo problema. Purtroppo la console di windows è molto lenta a causa di troppi controlli sulla sicurezza. Se vuoi fare un buon timer senza sfarfallio hai due possibilità:
1)Il timer segna al massimo i secondi (così farai solo una clear o cls ogni secondo evitando troppi refresh della console)
2)Ti affidi ad un'altro linguaggio con interfaccia grafica come vb .net c# java delphi...

Anche io volevo farmi un bel timer ma ho subito visto che in c++ sulla console fa schifo

Se proprio vuoi farlo in c++ usa le qt, che ti permettono di fare gui senza tanto sforzo