Secondo me il problema sta, come al solito, nella cancellazione totale dello schermo prima di ridisegnare. Se devi semplicemente aggiornare una porzione dello schermo ti conviene spostarti lì (con le apposite API della console su Windows, con le sequenze di escape su Linux) e sovrascrivere quello che hai già scritto prima. Ovviamente per avere buoni risultati sarebbe bene che la parte da sovrascrivere fosse ben delimitata.