Con javascript puoi fare qualcosa che si avvicina di più a come è su facebook. Niente reload e niente cambiamenti di pagina. Ovviamente non basta il javascript da solo ma servirebbe interfacciarsi con librerie come Ajax, ma il risultato è sicuramente più bello da vedere. Comunque chiedi sempre nella loro sezione.
Invece, per quello che devi fare tu, il controllo lo puoi inserire nella stessa pagina di dove visualizzi la posta.
Puoi fare una serie di if che controllano il comando, il soggetto, il messaggio, il destinatario. E poi inserisci nel database mySQL.
Appena ho un po' di tempo libero ti scrivo qualcosa.