Non conoscendo il sw non posso aiutarti passo passo...

Ora se l'audio è in PCM vuol dire che non è compresso, ma potresti anche provare a vedere se ti dà il difetto provando a comprimerlo (anche in mp3 ad esempio)
Come detto fà delle prove con delle piccole clip di pochi secondi: è l'unica
Poi VERIFICA quel 144 che NON è normale: già 44000 è alto come parametro

Il taglio è solo un "segno" che tu dai sulla tal clip, poi il tutto si gioca nella scrittura della nuova clip tagliata, ed è lì, nella scrittura, che devi verificare con quali impostazioni scrivi il nuovo file