PHP ha molto poco a che vedere con javascript (per non dire nulla). Probabilmente il problema risiede nella parte javascript stessa ovvero, potrebbe dipendere da PHP nel momento in cui il codice (xhtml/dhtml/javascript) che gli fai generare non sia corretto. Prova a vedere che cosa arrivi effettivamente al browser (ovvero leggi il sorgente html dal browser stesso) e ti avvali dell'aiuto delle varie console di debug che oramai sono implementate più o meno degnamente in tutti i maggiori browsers.