Però, chiave primaria a parte, non ci sono garanzie sul contatore? Ho capito male? Anche se divido l'autoincrement dalla chiave primaria rischio di avere cmq una numerazione inaffidabile, come ovviare allora?
le garanzia ci sono, ma sono quelle che ho enumerato.

unicità e monotonicità crescente (è garantito solo l'ordinamento)

1..2..3..5..10..20..30..31..32..33..50 è una sequenza autoincrementante mysql amminissibile

puoi alterarlo così
ALTER TABLE tabella AUTO_INCREMENT = 99;
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la questione è "usare una chiave VERA", ossia un elemento del dominio che è "veramente" una chiave (esempi classici: codice fiscale etc), oppure una chiave "vera" derivata da altri elementi "fusi" e, nel caso peggiore, trasformati con una funzione hash (magari pure con una parte random ed una legata al tempo)
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Attenzione a riflettere su chiave primaria ed interrogazioni: se sono necessarie "a range" allora se ti serve un "vero" contatore, da usare raramente (per evitare eccessivi rallentamenti ed addirittura starvation), usa una banale tabella con dentro il progressivo, che lockerai "a mano" prima di leggere (ed incrementare), per poi sbloccarla "a mano".

Questo va bene se, lo ribadisco, è usata raramente, mentre NON va bene (dal punto di vista delle prestazioni), in quanto la richiesta di atomicità (che poi significa bloccare la tabella) può avere effetti collaterali negativi.