La lettura completa del file ti converrebbe se dovessi anche salvare il file dopo averlo modificato.
Se devi solamente confrontare 2 files senza poi modificarli e salvarli, conviene leggere i due files linea per linea.
Se leggi i due files completamente ovviamente rischi l'out-of-memory se magari i due files fossero di grandi dimensioni anche se una volta in memoria avresti più efficienza nelle operazioni.

Prova a leggere i files linea per linea con la funzione
istream& getline ( istream& is, string& str );

Poi per spezzare la linea ogni "," usa la funzione C strtok(char* str, char* tok)