Aggiungi una classe hai checkbox che vuoi distingure tipo:
<input id="ctl00_Main_gwSpedizioni_ctl02_DeleteThis" class="col1" type="checkbox" name="ctl00$Main$gwSpedizioni$ctl02$DeleteThis" />
<input id="ctl00_Main_gwSpedizioni_ctl01_CheckAll" type="checkbox" name="ctl00$Main$gwSpedizioni$ctl01$CheckAll" onclick="java-script: return select_deselectAll (this.checked, this.id, 'col1');" />
function select_deselectAll (chkVal, idVal,classe){....
if(chkVal == true && classe='col1') {
frm.elements[i].checked = true;
} else {
frm.elements[i].checked = false;
}