Con o senza www non è la stessa cosa, all'atto pratico sono due host differenti. La perdita di PR è probabile che sia imputata a questo, dato che il PR prima era associato alla pagina con indirizzo www, e quella senza www ne era probabilmente sprovvista.

Tutto comunque dipende da come hai gestito la convivenza dei due host: la cosa migliore a mio parere è di rimandare quello scelto come secondario sul principale con un redirect 301.

Comunque può darsi che il PR ti ritorni al momento in cui c'è un export dei dati; come saprai questi sono aggiornati solo poche volte l'anno.