Sicuramente è sconsigliato 'inglobare' le risorse nell'exe.
Ne aumenta la dimensione inutilmente, dato che qualsiasi risorsa 'custom' (come le tue) deve essere salvata su file esterno prima di essere disponibile.
Quindi a che pro?

Considera che in questo caso, modificando una risorsa inglobata, ti costringe a ridistribuire l'intero eseguibile.

La via più semplice e flessibile è creare una DLL 'satellite' con tutte le risorse, e quando serve la carichi dalla DLL (se è una risorsa standard) oppure la salvi su disco e dopo la puoi utilizzare.
Per generare una DLL di risorse si scrive uno script di risorse (.RC), lo si compila con l'apposito programma RC.EXE (e si ottiene un file .RES), quindi la si carica in un pnuovo progetto DLL di VB6 che contiene una sola classe, lo si compila e si ottiene il file .DLL

In questo mio vecchio articolo spiego in dettaglio come creare una DLL di proprie icone (ma è identico per qualsiasi tipo di file)
http://www.visual-basic.it/articoli/gbEnumIconRes.htm

ma trovi info a iosa 'googlando' sull'argomento.