no, anche perchè ci sono SEMPRE le tabelle myisam (quelle di sistema).

perdi un po' sotto il profilo delle risorse, per la duplicazione di tutto, in particolare myisam usa la cache del file system (fa la cache solo per gli indici, e non i dati), mentre innodb no.

attenzione che se la tabella ha molte righe le ricerche full text di myisam sono inusabili, non ci vuol nulla ad avere tempi dell'ordine della decina di secondi per ogni interrogazione.

anche i backup diventano delicati, in quanto ti tocca mettere un --opt (o equivalenti) in mysqldump, causando in sintesi il blocco totale durante le copie
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se hai archivi grandi taglia la testa al toro e passa a sphinx