Ma se hai delle relazioni con altre tabelle e cancelli tutti i record ad uno ad uno oppure esegui un truncate table mi sai dire qual'e' la differenza riguardo a queste relazioni?

Eseguire un truncate table ti reinizializza la tabella e oltre all'autoincrement esegue pure un optimize cancellando gli spazi vuoti nel caso di MyISAM cosa che il delete non farebbe.

Forse la differenza che tu indichi riguardo ai possibili riferimenti sarebbe piu' valida tra un update che pone tutti i campi al default escluso l'id ed un delete/truncate. Ma che senso avrebbe la relazione con un id di un record con i campi vuoti?

Nota poi che ho suggerito un TRUNCATE perche' viene eseguito prima un SELECT senza condizioni e quindi seleziona TUTTI i record in un result set e poi una esegue una scansione dello stesso eseguendo nn query DELETE su ogni id trovato sempre che siano le ore 5:50. Se <= 5:49 o >= 5:51 ciccia.

Meglio un evento ad una specifica ora che esegua il truncate. that's all.