Ho risolto da solo.
Per chi fosse interessato l'operazione si può effettuare con HSQLDB.
Seguite questo tutorial:
http://www.vaannila.com/hibernate/hi...e-tools-1.html

L'unica modifica da effettuare è quella di cambiare l'url.
Al posto di scrivere su server: jdbc:hsqldb:hsql://localhost
scriviamo su file: jdbc:hsqldb:file:filedb

Ciao