Per gestire la compattazione da codice VB6, allora l'istruzione

Application.DBEngine.CompactDatabase

non è disponibile, perchè è specifica dell'ambiente MSAccess, mentre tu usi VB6.
E non ha nemmeno senso utilizzare un riferimento ad Access, perchè qualora tu distribuissi l'applicazione se l'utente non ha MSAccess installato non funzionerebbe più.

Per compattare un database Access occorre referenziare la libreria
Microsoft Jet And Replication Object (msjro.dll)

Ecco come fare

How To Compact Microsoft Access Database Through ADO
http://support.microsoft.com/kb/230501/en-us