Scusate ho fatto il copia incolla prima di apportare le modifiche. Questa è l'attuale soluzione funzionante

codice:
function fill(thisValue){
    var txt = thisValue.split('|');
    ....
    var pagamento = document.getElementById("c_pagamento");
    for(var k =0; k<pagamento.options.length;k++){
        if(pagamento[k].text == $('#c_pagamento').val(txt[3])){
            pagamento.selectedIndex = k;
            break;
        }
    }
    ....
}
Ora spero che sia più chiaro. Ho comunque utilizzato jQuery dove riuscivo ma credo si possa fare di meglio per accedere alle varie opzioni.