sinceramente non è chiaro quale sia il problema...

in quel file php che richiamo e che appunto mi genera la query,io vorrei che se esce un determinato valore mi cambiasse il colore di un button che non è all'interno del div dove estraggo la select...
Esce da dove? oltre alla query la pagina php ti torna anche un altro valore a parte o il valore di cui parli è il risultato della query? se il bottone è dentro o fuori dal div non credo importi granche...

se lo metto dopo la funzione di innerHTML va ma non posso controllare quel valore
Anche in questa frase non si capisce di che valore parli... hai la risposta della chiamata php (xmlHttp.responseText), non hai tutto cio che ti interessa all'interno della variabile addControlGenereResponse ?