E' la stessa situazione della prova che ho fatto io.
Ho creato un file BAT (l'ho chiamato pippo.bat). Al suo interno ho avviato una applicazione java che apre una GUI (MiaApplicazione.jar) e subito dopo ho richiesto l'esecuzione di altri comandi (un semplice ECHO a video).

L'ECHO viene eseguito solo dopo che ho chiuso la GUI dell'applicazione Java. Mi aspetto lo stesso comportamento per qualunque altro tipo di comando (non solo l'echo).


Ciao.