codice:
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
int main ()
{
    int a, b, max, contatore, ncoppie, maxtot;
    contatore=0;
    
   
    printf ("Inserire il numero di coppie che si vuole confrontare: ");
    scanf ("%d", &ncoppie);   /*ERRORE!!*/

   for (contatore=0; contatore<=ncoppie; contatore++)
   {
       printf ("Inserire il numero del primo valore della coppia");
       scanf ("%d", &a);
        printf ("Inserire il numero del secondo valore della coppia");
       scanf ("%d", &b);
       if (a>b)       max=a;
       else         max=b;
       
       
       if (max > maxtot)        maxtot=max;
       else        max=0;
    }
       
        
printf ("Il massimo tra le coppie e' %d ", maxtot);
system ("pause");
return 0;
}
così non è più in loop in loop infinito. Ci sono alcuni altri problemi, ma te ne potrai accorgere da solo facendolo funzionare
ciao ciao!