Allora: Ho un file e Ora io sono riuscito a leggerlo
utilizzando questo metodo:

public static int contaParole(String inputFile) throws IOException{
int conto=0;
StringTokenizer riga=null;
BufferedReader in=new BufferedReader(new FileReader(inputFile));
String s=in.readLine();
while(s!=null){
riga=new StringTokenizer(s," \t\n\r\f,.;:");
conto=conto+riga.countTokens();
s=in.readLine();

}
return conto;
}

In poche parole questo metodo conta le parole che ci sono nel file(dopo ovviamente averle lette) utilizzando la StringTokenizer e il BufferedReader (che ho importato all'inizio del programma);
Ora mi servirebbe (e non sono in grado di scriverlo) un altro metodo statico che memorizzi i valori del file dato in una matrice nxn (array doppio);
Come si fa???