Non so' se ho afferrato il problema..
comunque hai selezionato tutti i livelli interessati prima di dre contrasto ?
facendo maiuscolo +control+ alt + E ..crei un'immagine unica ricavata da tutti i livelli che hai selezionato prima di dare questo comando , non modifica i livelli sottostanti li lascia..
su quella immagine crei il contrasto.

oppure fai un tentativo con la selezione , mi sembra shift + clicca andando sul livello , ti seleziona quello che hai sul livello nel dettaglio.
prova a dare contrasto.
ma le opzioni del contrasto utilizzale , perchè se esageri ti vengono tutti puntini ..oppure distorto il tratto.

attenzione anche a ..soglia livelli