Perchè non le includi direttamente in functions.php
codice:
add_action('init', 'kode_my_script');
add_filter( 'script_loader_src', 'jquery_unversion' );
function kode_my_script() {
	if (!is_admin()) {
		wp_deregister_script('jquery');
        wp_register_script( 'jquery', 'http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1/jquery.min.js', false, '1.x', false );
		wp_enqueue_script('jquery');
		// load altre librerie
		wp_enqueue_script('nomescript1', get_bloginfo('template_url') . '/js/script1.js');
		wp_enqueue_script('nomescript2', get_bloginfo('template_url') . '/js/script2.js');																															
	}
}
function jquery_unversion( $src ) {
if( strpos( $src, 'ajax.googleapis.com' ) )
    $src = remove_query_arg( 'ver', $src );

return $src;
}
- richiami le librerie jQuery dalle Api di Google senza caricarle in locale
- se hai altre librerie da caricare crei una cartella nel tema /js e le inserisci li
- nomescript1 deve essere un nome univoco per riconoscere tale libreria (lo scegli tu)
- /js/script1.js è il nome del file