Ho trovato una pagina della Microsoft dove veniva affermato che da IIS7 in poi non sarebbe più stato permesso ai programmi di essere avviati in modalità differente dal background per motivi di sicurezza.
Nel mio caso quindi il programma si avvia ma, appunto, solo in background.
Per ora ho risolto facendo scrivere a IIS7 un file con i comandi che devono essere avviati ed all'interno di un'applicazione un thread che continua a controllare il file. Se trova un comando lo esegue e cancella la riga.
Per ora va bene così, poi penserò a qualcosa di + efficiente.

Comunque grazie 1000 dell'interessamento e delle risposte e scusate la mia assenza... FERIE !!!

Ciao
Vendaval