Bisogna vedere l'HTML per poterti rispondere, però fai attenzione che questo codice
codice:
$(function() {
$('#menu li a').click( function () {
var $this = $(this);
$(".selected").removeClass('selected');
$this.addClass('selected');
})
})
non attribuisce la classe ".selected" all'elemento[*], bensì lo attribuisce al tag <a>, forse il tuo problema è qui.
Se mostri l'HTML però è meglio