Premesso che non ho mai valutato una simile situazione,
a me sembra logico che se premo il collegamento verso un'altra pagina
questa si carichi subito e quella vecchia smetta di funzionare e non mi blocchi la navigazione
se vuoi che l'effetto funzioni dovresti caricare la nuova fagina in un frame oppure un iframe oppure con ajax in un div

ma tutto questo dovrebbe venire dopo che sei in grado di scrivere un codice pulito
altrimenti la resa sarà imprevedibile