se vuoi disabilitare il pulsante che apre la popup lo aggiungi nel onclick
[CODE]<form = "nuovo">

input type="button" value="Salva" name="salva" id="salva" onClick="popup_window('pg_utente_add.php?identific ativo_pass=' + document.nuovo.identificativo.value + ....);this.disabled=true;

Se vuoi disabilitare il tasto della popup lo inserisci nella head della popup:
<script>
onload=function(){document.getElementById("id_bott one_pop").disabled=true;}
</script>