Puoi codificare l'id quando lo scrivi e decodificarlo quando lo leggi.
Ci sono tante funzioni già pronte per questo, ma anche usare un md5 (che salvi nella tabella delle aziende) può andare bene (es md5($nome_azienda . $id_azienda . $data_registrazione_azienda)
Quando salvi l'azienda calcoli l'md5 e lo salvi nella tabella, quando aggiorni i dati aggiorni anche l'md5, quando scrivi l'id "a video" usi l'md5 dalla tabella, quando ricerchi l'azienda cerchi questo md5 nella tabella

Conviene comunque che quando ricevi i dati via GET o POST tu faccia una sanitizzazione!