PDF995, lo uso tranquillamente da anni.
Installa una stampante virtuale accessibile all'apertura di ogni file stampabile: editi tutto col programma associato al file di origine (quindi Word per i .doc, ecc...), e da lì dovresti poter gestire facilmente note a pié di pagina, intestazioni, ecc...

Oppure OpenOffice, ma sinceramente ho delle riserve sulla gestione che fa dei documenti creati con programmi di Office: non permette di aggiornare eventuali sommari, sballa le formattazioni di grafici, le animazioni delle presentazioni vanno a farsi benedire... Insomma, installarlo solo per convertire in PDF non lo farei se non dietro un solido vitalizio a me intestato!