scusa ma sono anche incasinata oggi e non ti ho potuto rispondere prima.

Organizza bene il progetto, è corretto che tu abbia il sorgente dentro la cartella src/nomePackage.
Però fai attenzione, quando esegui tu hai come path corrente

c:\path_to_project\src\rubrica\rubrica.class

che è in esecuzione, questo lo cerca nel path

c:\path_to_project\src

quindi un ..\ gli basta.

Ma in generale non sei in quel path, per cui, banalmente se tu mettessi i .class in una dir a parte avresti

c:\path_to_project\bin\rubrica\rubrica.class

per cui devi salire di 2 livelli e scendere di uno.

Più in generale usa una cartella resource per quelli che sono i sorgenti, fai fare la ricerca al classLoader (usa getResourceasstream) e dovresti avere meno problemi.

Sull'uso di getResource ci sono una marea di esempi in rete e sulla guida oracle, per questo non te ne indico