Allora,
occorre intervenire nella creazione della pagina da parte del server (se la pagina attualmente è statica bisogna per prima cosa trasformarla in dinamica quindi cambia l'estensione da html a php).

Per non intervenire su tutti gli onclick, uno per uno, conviene che tutti gli onclick chiamino un'unica function javascript che verrà lasciata vuota se l'utente non è loggato oppure riempita con le opportune istruzioni di cambio colore se l'utente è loggato.

Qualcosa del genere:

codice:
<script type="text/javascript">
   function cambia_colore(casella) {
<?php
   if (isset($_SESSION['userid'])) {
?>
      casella.style.background = "#FF0000";
<?php
   }
?>
   }

......

</head>
<body>

......

<td onclick="cambia_colore(this)">...</td>

......
Le istruzioni in rosso verranno mandate al client in ogni caso quindi la function verrà generata sia per gli utenti loggati che per quelli non loggati (altrimenti gli onclick darebbero errore) ma verrà riempita con le istruzioni blu solo se il test sulla variabile $_SESSION['userid'] (non so come si chiama nel tuo caso) indica che l'utente è loggato.

Devi solo trovare la variabile di session da usare ma questo è facilissimo, basta guardare una qualsiasi pagina dell'area protetta (che se ho ben capito esiste già) e vedere il primo test che fa, proprio all'inizio ... quella è la variabile da usare.

Sto restando un po' nel vago perché non so molto su questo sito e sulle tue conoscenze sui siti dinamici, il php, il javascript e quindi non so quanto entrare nel dettaglio.

Comunque se qualcosa non è chiara scrivi pure.
Ciao