Stampare in pdf è sempre stato...problematico.
Io personalmente ho rinunciato a usare le mille mila librerie che esistono e uso wkhtmltopdf...
Cosa fa? Prende in input una serie di pagine html (una o più) e le concatena in un pdf che salva sul file sistem.
Vantaggi: si crea il pdf con pagine html (quindi con tutte le potenzialità grafiche di html e la facilità di costruzione del layout)
Svantaggi: si deve usare shell_exec o simili (è infatti un programma, non un'estensione php)

Vedi se può fare al caso tuo...