Se usi system hai un modo "portabile" su vari sistemi per eseguire un file scrivendo come se stessi sul terminale di quel SO. Ovviamente se il file si trova in un'altra cartella devi specificare anche la cartella con percorsi relativi o assoluti.

Quella funzione è portabile si, ma esegue il comando aprendo il terminale, il che può dare un po' fastidio.
Se il tuo programma è solo per windows, puoi usare l'API ShellExecute così impostando come parametro nShowCmd SW_HIDE esegui il programma nascondendo la finestra del terminale.