io farei che quando uno scarica il file imposti un campo che accetta valori 0 e 1 a 1.
Il file che ha quel campo = 1 non può essere cancellato.
Poi quando l'utente ha finito, e immagino che fa l'upload, reimposti quel campo a 0, e a quel punto lo fai cancellare..

..o ho capito male quello che devi fare?