(escludendo che non ci siano errori js altrove sulla popup) magari c'è un qualche controllo fatto lato server per verificare l'esistenza del referrer della pagina che contiene il video, il che potrebbe essere una spiegazione plausibile soprattutto se il problema è comune a tutti i browser (e non solo a uno ma suppongo tu abbia già provato vero? )

comunque prova ad aprire la popup con FF con firebug e guardare nel pannello net che cosa succede.

A prescindere da quale sia il problema potresti mettere il video in un layer in primo piano invece che in una popup.